QUAN TRẮC QUẦN XÃ TUYẾN TRÙNG BIỂN THÔNG QUA 18S rRNA METABARCODING NHƯ LÀ MỘT THAY THẾ CHO NGHIÊN CỨU HÌNH THÁI

            Các nhà khoa học thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam và Đại học Ghent – Bỉ vừa công bố kết quả nghiên cứu quan trắc quần xã tuyến trùng biển thông qua 18S rRNA Metabarcoding.

            Tuyến trùng hiện được sử dụng rộng rãi trong chỉ thị môi trường thủy vực do chúng phân bố rộng rãi và số lượng cá thể rất lớn trong các trầm tích. Hiện nay, việc phân tích các dữ liệu về mật độ, đa dạng loài và thành phần giống tuyến trùng chủ yếu dựa trên các nghiên cứu về hình thái, đòi hỏi phải có các chuyên gia phân loại tuyến trùng. Để đánh giá liệu các phương pháp dựa trên DNA có thể bổ sung hoặc thậm chí vượt trội hơn so với phương pháp phân loại về hình thái hay không thì cần đánh giá kỹ lưỡng cả hai phương pháp trên cơ sở các mẫu tuyến trùng với đầy đủ thông tin liên quan đến yếu tố môi trường.

            Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng phương pháp nghiên cứu metabarcoding tập trung chủ yếu vào gen 18S và COI  trên cơ sở quần xã tuyến trùng đã được phân loại bằng phương pháp hình thái được thu thập từ các khu vực khác nhau (nuôi trồng thủy sản, khu công nghiệp và khu bảo tồn thiên nhiên) tại rừng ngập mặn Cần Giờ, thành phố Hồ Chí Minh của Việt Nam. Chúng tôi phân chia thành 3 khu vực này trên cơ sở sự khác nhau về hàm lượng kim loại nặng, nitrat và chất lơ lửng. Để nghiên cứu, chúng tôi so sánh mật độ tuyến trùng, thành phần loài và giống liên quan đến chất lượng môi trường ở khu vực nêu trên.

            Kết quả cho thấy không có sự sai khác khi sử dụng 3 phương pháp tiếp cận trên, trong đó dữ liệu 18S rRNA mô tả tốt nhất mức độ đa dạng và thành phần loài liên quan đến các yếu tố môi trường ở khu vực nghiên cứu hơn là phương pháp sử dụng hình thái. Chúng tôi cho rằng nguyên nhân do thiếu cơ sở dữ liệu tham chiếu về hình thái tuyến trùng. Phương pháp sử dụng 18S rRNA metabarcoding thực sự tin cậy và nhanh chóng trong việc sàng lọc các yếu tố thay đổi môi trường. Tuy nhiên, khi chúng ta muốn hiểu về bản chất của những thay đổi đó thì thông tin sinh thái và sinh học liên quan đến phân loại học vẫn là điều cần thiết. Do đó, chúng tôi ủng hộ rằng việc bổ sung dữ liệu trình tự gene tham chiếu mới từ mẫu vật chuẩn là một phần thiết yếu của mọi nghiên cứu về metabarcoding.

Hình 1. Mức độ phong phú tương đối của quần xã tuyến trùng trong mẫu phân tích trên cơ sở phân tích bằng phương pháp hình thái (a), 18SrRNA (b) và COI (c)

Nguồn tin: Phan Kế Long, Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam

Tên bài báo: Bjorn Tytgat, Dinh Tu Nguyen, Thi Xuan Phuong Nguyen, Thi Man Pham, Phan Ke Long, Ann Vanreusel, Sofe Derycke (2019). Monitoring of marine nematode communities through 18S rRNA metabarcoding as a sensitive alternative to morphology. Ecological Indicators 107.

https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.105554. SCIE, ISSN/eISSN: 1470-160x/1872-7034

Tin cùng loại